آفات و بیماری‌های گیاهی

با همکاری انجمن‏‌ بیماری شناسی گیاهی ایران

شماره جاری

بر اساس شماره‌های نشریه

بر اساس نویسندگان

بر اساس موضوعات

نمایه نویسندگان

نمایه کلیدواژه ها

درباره نشریه

اهداف و چشم انداز

اصول اخلاقی انتشار مقاله

بانک ها و نمایه نامه ها

پیوندهای مفید

پرسش‌های متداول

فرایند پذیرش مقالات

اطلاعات آماری نشریه

اخبار و اعلانات

تعیین ویژگی‌های مولکولی سه جدایه ویروس زردی بافت مرده‌ی باقلا به دست آمده از نخود در ایران

نوع مقاله : بیماری‌شناسی گیاهی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

2 استاد، بخش تحقیقات ویروس‌شناسی گیاهی، موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران

3 استادیار، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

4 استاد، موسسه آموزش عالی صنعتی فولاد، فولادشهر، اصفهان، ایران

چکیده

زردی از علائم شایع در مزارع نخود در دنیا و ایران می باشد. ویروس زردی بافت مرده‌ باقلا (Faba bean necrotic yellows virus, FBNYV) از جنس Nanovirus، تیره Nanoviridae، از عوامل ویروسی همراه با عارضه زردی می باشد. در سال‌های 1395-1394 نمونه‌های نخود با علائم زردی از استان‌‌های لرستان و کرمانشاه جمع آوری و پس از استخراج دی‌ان‌ا، آلودگی به نانو ویروس با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی در آنها ردیابی گردید. دی‌ان‌ا نمونه‌هــای آلــوده از طریق روش دایره غلطان (RCA) تغلیظ و با انجام هضم آنزیمی محصول (RCA) توسط آنزیم برشی Aat II، قطعات مختلف ژنومی ویروس با اندازه حدود یک کیلو جفت باز جداسازی گردید. قطعه ژنومی با اسامیDNA-R, DNA-S, DNA-C, DNA-N, DNA-M, DNA-U1 DNA-U2 و DNA-U4 با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصیFBNYV، تکثیر و تعیین ترادف گردید. مقایسه ترادف قطعات 8 گانه در سه جدایه ایرانی FBNYV با ترادف‌های موجود در بانک ژن GenBank نشانگر شباهت زیـاد جـدایه‌های ایرانی با دو جدایه FBNYV-[AZ; 12] و  FBNYV-[AZ; 13.5] از آذربایجان بود. درخت تبارزایی‌های رسم شده برای قطعات DNA-S, C, U1 نشانگر شباهت زیاد آنها با قطعات مشابه در جدایه آذربایجان FBNYV-[AZ;12] و در گروه مستقل (II) از سایر جدایه‌های دنیا قرار گرفتند. ترادف قطعات DNA-R,M,N,U2,U4 جدایه‌های ایرانی با جدایه دیگری از آذربایجان FBNYV-[AZ;13.5] بسیار شباهت داشته و در گروه مستقل (I) قرار گرفتند. تفاوت ژنتیکی بین دو جدایه آذربایجان در بین جدایه‌های ایرانی نیز مشاهده شد. نتایج بدست آمده فرضیه وقوع نوجوری بین جدایه‌های ایران و آذربایجان را حمایت می‌کند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Molecular characterization of three Faba bean necrotic yellows virus (FBNYV) isolates, originated from chickpea in Iran

نویسندگان [English]

  • Y. SOKHANSANJ 1
  • K. BANANEJ 2
  • F. RAKHSHANDEHROO 3
  • A. AHOONMANESH 4

1 PhD. Student ; Department of Plant Pathology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran

2 Professor, Department of Plant Virus Research, Iranian Research Institute of Plant Protection, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tehran, Iran

3 Assistant Professor,Department of Plant Pathology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran

4 Professor, Foulad Institute Technology (FIT), Foulad-shahr, Isfahan-Iran

چکیده [English]

Yellowing is one of the most prevalent symptoms in chickpea fields, worldwide and Iran. Faba bean necrotic yellows virus (FBNYV, genus Nanovirus, family Nanoviridae) is associated with the yellowing symptoms in the chickpea fields. During the survey of the Lorestan and Kermanshah provinces in May 2015-2016, chickpea plants showing yellowing symptoms were collected and total DNAs were extracted. The samples were checked for nanovirus infection by PCR, using nanovirus-specific degenerate primers. Total DNA preparations from the nanovirus-positive samples were used for RCA, using φ29 polymerase and restriction endonuclease Aat II digests yielding products of ~1kb corresponding to linearized nanovirus DNA components. FBNYV genomic components were amplified using RCA products and specific primers of eight different U1, M, N, C, S, R, U2, and U4 components. The amplified fragments were purified and sequenced. Nucleotide sequences of the eight different components of three Iranian isolates of FBNYV (Lor-28, Lor-1, and Ker-21) were compared with FBNYV sequences in GenBank. Sequence comparison indicated that Iranian isolates of FBNYV are most similar to Azerbaijan isolates of FBNYV: FBNYV-[AZ; 12], and FBNYV-[AZ; 13.5]. Phylogenetic analyses of nucleotide and deduced amino acid sequences of DNA-S, C, and U1 revealed that Iranian FBNYV isolates clustered with Azerbaijan isolate FBNYV-[AZ;12 ](group II), while DNA-R, DNA-M, DNA-N, DNA-U2, and DNA-U4 clustered with FBNYV-[AZ; 13.5], (group I). Considering the genomic differences between two Azerbaijan isolates, which can be expected among Iranian isolates. These results may provide evidence of the reassortment occurrence among Iranian and Azerbaijan FBNYV isolates.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Chickpea
  • Faba bean necrotic yellows virus
  • yellowing
مراجع
ALAVINEJAD, E., S. A. A. BEHJATNIA, K. IZADPANAH and M. MASOUMI, 2011. Molecular detection of Faba bean necrotic yellows virus in legume fields of some North, North West and South provinces of Iran. The 7th National Biotechnology Congress of I. R. Iran. 6 pp.
(in Persian with English summary).
ANONYMOUS, 2015. Statistical annual report of Iranian agricultural crops (in Persian).
ARONSON, M. N., A. D. MEYER, J. GYRGYEY, L. KATUL, H. J. VETTEN, B. GRONENBORN and T. TIMCHENKO, 2000. Clink, a nanovirus-encoded protein, binds both pRB and SKP1. Journal of Virology, No. 74: 2967-2972.
BABIN, M., V. ORTIZ, S. CASTRO and J. ROMERO, 2000. First detection of faba bean necrotic yellows virus in Spain. Plant Dis, No.84: 707.
FAOSTAT, 2014. Prunus production: National Agricultural statistics Service, USDA.
FRANZ, A., K. M. MAKKOUK and H. J. VETTEN, 1995. Faba bean necrotic yellows virus naturally infects Phaseolus bean and cowpea in the coastal area of Syria. Journal of Phytopathology, No. 143(5):319-320.
FRANZ, A., K. M. MAKKOUK, L. KATUL and H. J. VETTEN, 1996. Monoclonal antibodies for the detection and differentiation of faba bean necrotic yellows virus isolates. Ann Appl Biol., No.128: 255-268.
FRANZ, A., K. M. MAKKOUK and H. J. VETTEN, 1998. Acquisition, retention and transmission of faba bean necrotic yellows virus by two of its aphid vectors, Aphis craccivora (Koch) and Acyrthosiphon pisum (Harris). Journal of Phytopathology, NO. 146(7): 347-355.
FRANZ, A., F. VAN DER WILK, M. VERBEEK, A. M. DULLEMANS and J. F. J. M. VAN DEN HEUVEL, 1999. Faba bean necrotic yellows virus (genus Nanovirus) requires a helper factor for its aphid transmission. Virology, NO. 262: 210–219.
GRONENBORN, B. 2004. Nanoviruses: genome organization and protein function. Veterinary Microbiology, NO. 98: 103- 109.
GRIGORAS, I., A. L. GINZO, D. P. MARTIN, A. VARSANI, J. ROMERO, V. A. CH. MAMMADO, I. M. HUSEYNOVA, J. A. ALIYEV, A. KHEYR-POUR, H. HUSS, H. ZIEBELL, T. TIMCHENKO, H. J. VETTEN, and B. GRONENBORN, 2014. Genome diversity and evidence of recombination and reassortment in nanoviruses from Europe. Journal of General Virology, NO.95:1178–1191.
GRIGORAS, I., T. TIMCHENKO, L. KATUL, A. GRANDE -PEREZ, H. J. VETTEN and B. GRONENBORN, 2009. Reconstitution of authentic nanovirus from multiple cloned DNAs. Journal of Virology .NO.83: 10778-10787.
HORN, N. M., K. M. MAKKOUK, S. G. KUMARI, J. F. VAN DEN HEUVEL and D. V. R. REDDY, 1995. Survey of chickpea (Cicer arietinum L.) for chickpea stunt disease and associated viruses in Syria, Turkey and Lebanon. Phytopathologia Mediterranea, NO. 34: 192–198.
KATUL, L., H. J. VETTEN, E. MAISS, K. M. MAKKOUK, D. E. LESEMANN and R. CASPER, 1993. Charecteristics and serology of virus-like particles associated with faba bean necrotic yellows. Annals of Applied Biology, NO. 123: 629– 647.
KOONIN, E. V. and T. V. ILYINA, 1992. Geminivirus replication proteins are related to prokaryotic plasmid rolling circle DNA replication initiator proteins. Journal of General Virology, NO. 73(10):2763-2766.
KUMARI, S. G., N. ATTAR, E. MUSTAFAYEV and Z. AKPAROV, 2009. First report of faba bean necrotic yellows virus affecting legume crops in Azerbaijan. Plant Disease, NO. 93: 1220.
MAKKOUK, K. M., S. G. KUMARI and R. AL-DAOUD, 1992. Survey of viruses affecting lentil (Lens culinaris Med.) in Syria. Phytopathologia Mediterranea, NO.31(3): 188-190.
MAKKOUK, K. M., Y. FAZLALI, S. G. KUMARI and S. FARZADFAR, 2002. First record of Beet western yellows virus, Chickpea chlorotic dwarf virus, Faba bean necrotic yellows virus and Soybean dwarf virus infecting chickpea and lentil crops in Iran. Plant Pathology, NO. 51: 387-387.
MAKKOUK, K. M., L. RIZKALLAH, M. MADKOUR, M. EL-SHERBEENY, S. G. KUMARI, A. W. AMRITI and M. B. SOHL, 1994. Survey of faba bean (V. faba L.) for viruses in Egypt. Phytopathologia Mediterranea, NO. 33(3): 207-211.
MAKKOUK, K. M., B. M. MUHAMMAD and R. JONENS, 1998a. First Record of Faba Bean Necrotic Yellows Virus and Beet Western Yellows Luteovirus Affecting Lentil and Chickpea in Pakistan. Plant disease of APS. Journals. NO. 5:591.
MAKKOUK, K. M., L. KATUL, S. G. KUMARI and H. J. VETTEN, 1998b. Characterization and control of faba bean necrotic yellows nanovirus affecting legume crops in west Asia and North Africa. In: Proceedings of the Eighth Turkish Phytopathological Congress, 21-25 September, 1998. Turkey: Ankara University. NO. 210-217.

MAKKOUK, K. and S. KUMARI, 2009. Epidemiology and integrated management of persistently transmitted aphid-borne viruses of legume and cereal crops in West Asia and North Africa Virus Research Vol.141 (2), Pages, 29-218.

MANSOURPOUR, M., A. MASSAH, A. AHOONMANESH and M. R. LAK, 2010. Detection and determination of certain molecular properties of Faba bean necrotic yellows virus in central and western provinces of Iran. 19th Iranian Plant Protection Congress, Karaj, Iran, p 769, (in Persian with English summary).
NAJAR, A., K. M. MAKKOUK and S. G. KUMARI, 2000. First record of faba bean necrotic yellows virus and beet western yellows virus infecting faba bean in Tunisia. Plant Disease, NO. 84(9):1046.
PARSA, M. and A. BAGHERI, 2008. Pulses. Jahad Daneshgahi Publication. 522p.(in Persian).
SAITOU, N. and M. NEI, 1987. The neighbour-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution. NO.4: 406-425.
TAMURA, K., G. STECHER, D. PETERSON, A. FILIPSKI and S. KUMAR, 2013. MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution.NO.30(12): 2725-2729.
TIMCHENKO, T., L. KATUL, Y. SANO, F. DE KOUCHKOVSKY, H. J. VETTEN and B. GRONENBORN, 2000. The master Rep concept in nanovirus replication: identification of missing genome components and potential for natural genetic reassortment. Virology, NO. 274: 189-195.
VAFAEI, S. H., N. AZADBAKHT, N. SHAHRAEEN and N. HAJI, 2008. Survey virus disease of chickpea and lentil in province of Lorestan. 18th Iranian Plant Protection Congress, Hamedan, Iran.525. (In Persian with English summary).
آفات و بیماری‌های گیاهی
دوره 86، شماره 1 - شماره پیاپی 106
شهریور 1397
صفحه 75-90
فایل ها
هم رسانی
ارجاع به این مقاله
آمار